股权转让协议缴纳印花税的计税依据主要是 股权转让合同的金额。具体来说：
非上市公司股权转让
印花税率为万分之五。
计税依据为股权转让合同所载的金额。
上市公司股权转让
印花税率为1‰。
计税依据为股权转让合同所载的金额。
已实缴出资部分的转让价款
根据《财政部 税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2022年第22号）第三条，纳税人转让股权的印花税计税依据为列明的已实缴出资部分的转让价款。
产权转移书据
根据《中华人民共和国印花税法》第二条，产权转移书据的计税依据为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款。
综上所述，股权转让协议缴纳印花税的计税依据是股权转让合同所载的金额。对于非上市公司，税率为万分之五；对于上市公司，税率为1‰。此外，如果股权转让协议中列明了已实缴出资部分的转让价款，则以此金额作为计税依据。