程序重大瑕疵通常指的是 在计算机软件或程序中存在的某种破坏正常运行能力的问题、错误，或者隐藏的功能缺陷。这些缺陷可能导致软件产品在某种程度上不能满足用户的需要。程序重大瑕疵的存在可能会影响程序的正确性和稳定性，甚至可能导致程序完全无法运行或产生严重的后果。
在法律和司法领域，程序重大瑕疵也可能指司法机关没有按照程序法的规定实施诉讼行为，这可能导致相关证据不能作为定案根据，从而影响案件的公正审理和判决结果。例如，刑讯逼供是证据不足无罪案件被告人的常见辩解理由，也是导致错案发生的重要原因。
因此，无论是软件程序还是法律诉讼程序，程序重大瑕疵都是需要被认真对待和纠正的问题，以确保其正常运行和公正性。