医疗费用结算程序主要包括以下几个方面：
年度预算与季度预拨
根据年度预算，分配各季预算额度，一般按季度费用发生规律分配。
每季度前两月，医保经办按月预拨90%的月度预算额，第三个月根据季度考核结果拨付剩余部分。
住院及特殊病种门诊治疗的结算
定点医疗机构每月10日前将上月出院患者的费用结算单及相关资料报医疗保险经办机构审核，作为每月预拨及年终决算的依据。
特殊疾病患者在指定定点医疗机构就医购药的费用直接记账，即时结算。
急诊结算
参保人员因急诊抢救到非定点或异地医疗机构治疗，费用先由个人或单位垫付，急诊终结后凭相关证明到医保经办机构办理报销手续。
异地安置人员结算
异地安置人员由单位指定定点医疗机构，费用先由个人或单位垫付，治疗结束后凭相关证明到医保经办机构结算。
转诊转院结算
参保人员因定点医疗机构条件限制或专科疾病需转诊转院，需填写转诊转院审批表，并经相关部门审批。转诊转院费用先由个人垫付，医疗终结后凭相关手续到医保经办机构报销。
费用审核与报销
医保经办机构对定点医疗机构上传的费用数据进行每日审核，每月与医院核对无误后进行划拨。特殊情况下如离休干部医疗费用，实行月平衡结算和年终总平衡。
跨年度结算
对于跨自然年的住院治疗费用，可以在年底前入院、年后出院的跨年度病例，通过年终结转方法结算相关费用。跨地区直接结算的病例，以出院结算日期为结算时点，按一笔费用整体结算。
这些程序确保了医疗费用的合理结算和医保资金的有效管理。建议医疗机构和参保人员熟悉相关流程，确保结算过程顺畅。