合作医疗补交程序如下：
前往当地社保局或合作医疗管理部门
可以亲自前往所在地的社保局或合作医疗管理部门，了解补交的详细流程和要求，并按照指引完成补交手续。
网上补交
部分地区可能提供了网上补交的服务。可以登录当地社保局或合作医疗管理部门的官方网站，按照提示进行在线补交。
银行代缴
有些地区可能支持通过银行代缴的方式进行合作医疗的补交。可以咨询当地银行或合作医疗管理部门，了解是否提供此项服务及具体操作方法。
单位经办人员办理补缴录入手续
单位经办人员携带资料到征缴窗口办理医疗保险补缴录入手续。
用人单位缴费
用人单位持补缴表到社会保险经办机构缴费，并携带交款发票，由社保经办机构人员在社保部门办理意见栏签字并加盖业务章。
准备相关材料
根据当地村委会或社保部门的要求，准备好补交农村合作医疗保险所需的材料，一般包括身份证、户口本、照片等。
到指定地点办理
在规定的时间内，携带准备好的材料到指定地点办理补缴手续。需要缴纳本年度的农村合作医疗保险费用，具体金额可以咨询当地村委会或社保部门。
领取缴费凭证
办理补缴手续后，领取缴费凭证，以证明已经完成本年度农村合作医疗保险的缴费。
咨询当地农村合作医疗管理部门
可以前往当地的农村合作医疗管理部门（一般为当地的县级医保中心）咨询有关补缴的具体规定和流程。
缴纳漏交的医疗保险费用
根据当地的规定，需要按照漏交的医疗保险费用进行补缴。一般情况下，可以在当地的农村合作医疗管理部门缴纳未缴纳的医疗保险费用。
提交相关材料
在缴纳医疗保险费用后，需要向当地的农村合作医疗管理部门提交相应的材料，如缴费证明、身份证明等，以办理补缴手续。
建议选择最便捷的补交方式，如网上补交或银行代缴，以节省时间和精力。