补充地质勘查程序主要包括以下几个方面：
钻探取芯：
根据详勘报告布置补勘孔的位置，进行钻孔的测放、管线探测、开孔前的工作检查等，确保岩芯的采取率和土样的采集，并进行地质编录和钻孔质量的综合验收。
物探：
包括电阻率测井和声波测试等，用于测试土层、岩层的电阻率和原位测定横波波速、纵波波速，计算岩体完整性系数、划分地基土类型、场地类别、岩层风化带、隧道围岩分级、弹性模量、泊松比等。
野外原位测试：
主要进行标准贯入试验和旁压试验，利用试验的锤击确定砂土的密实度、粘土的状态等。
室内试验：
操作及成果分析必须遵循相关规范，如《地下铁道、轻轨交通岩土工程勘察规范》（GB50307-1999）和《土工试验方法标准》（GB/T50123-1999），对采集的土样进行各种试验，获取岩土体的物理力学性质。
查明岩土特征及分布：
详细查明岩土体的空间形态、物质组成、结构特征、成因和稳定性，地下水存在状态与活动方式，评估变更对滑坡整体稳定和局部稳定的影响。
特别地质单元和地层特征调查：
查明勘察范围内及其附近特殊性土和不良工程地质单元（如淤泥、砂层、断裂、风化深槽等）以及特别地层和岩性的特征和分布。
软土和地下硬土层调查：
查明软土的分布范围、厚度、固结状态、富水性和震陷特征，地下硬土层的埋深与起伏。
盾构施工地段地质状况调查：
查明盾构始发、接收地段的土质状况，提出是否需要对联络通道上方及周边岩层进行注浆加固的建议。
加密钻勘点：
对初勘时间距较大的钻勘点进行加密，以获得更具体的岩土特征与分布情况。
编制补充勘察报告：
整理并综合分析评价各方法获取的信息，按照规范规定要求编写完成岩土工程补充勘察报告。
这些程序需要按照补勘方案及相关规范的要求进行，以确保补充地质勘查工作的质量和有效性。