海关补充申报的程序主要包括以下几个步骤：
通知与准备
当海关决定对企业实施稽查时，会提前3日将《海关稽查通知书》送达企业。企业收到通知书后，应及时与海关联系，并按通知中的稽查范围准备相应的帐册、业务单证及有关资料。
电子数据补充申报
进出口货物的收发货人或其委托的报关企业在向海关申报电子数据报关单时，应一并通过系统向海关申报电子数据补充申报单。海关在审核过程中如发现需要补充申报的内容，会通过系统发送补充申报电子指令。
收发货人或其委托的报关企业应在收到海关补充申报电子指令之日起5个工作日内，通过系统向海关申报电子数据补充申报单。审核通过后，需打印纸质补充申报单（一式两份）并签名盖章后递交现场海关。
主动补充申报
在货物申报放行前，企业可主动向海关补充申报，例如将运输附加费通过“海关补充申报管理系统”进行电子补充申报。
通关中的补充申报
货物放行后，如海关要求补充申报，会通过“海关补充申报管理系统”发送价格审核等电子指令通知企业。企业应在收到补充申报电子指令之日起5个工作日内完成补充申报。
后续管理的补充申报
海关在后续管理中如发现需要补充申报的内容，也会要求企业进行补充申报。具体流程可参阅海关总署相关公告。
特殊规定与注意事项
如果型号错误导致税号改变，可能存在补征或追征税款的后果。
个人邮递物品在进出境时，如需要办理补充申报相关手续，会通过邮政公司通知收件人按照要求办理。
建议企业在进行海关补充申报时，务必及时关注海关的通知和指令，确保按照规定的程序和要求进行操作，以避免因延误或错误导致不必要的法律后果。