海关搜查的程序主要包括以下几个步骤：
通知
海关决定对企业实施稽查时，提前3日将《海关稽查通知书》送达企业。
企业收到通知书后应及时与海关联系，并按通知中的稽查范围准备相应帐册、业务单证及有关资料。
当企业有重大违法嫌疑或特殊情况时，海关可不事先通知企业而径行稽查，并当面送达《海关稽查通知书》。
实施
海关实施稽查时，企业应配合海关稽查工作，其法定代表人或主要负责人或其授权代表应到场，如实反映情况，并提供必要的工作条件。
海关稽查人员查阅、复制企业的帐簿、单证等有关资料，企业应按海关要求提供有关资料，协助清点、复制，并在复印件上签字、盖章。
若企业所在地不具备查阅或复制帐簿、单证等工作条件，稽查组可以在其他场所进行查阅、复制，并制发《帐簿单证调审单》。
报告
海关稽查人员根据稽查情况撰写稽查报告，并征求企业意见。
企业对稽查报告如有异议，可以提供书面材料进行说明。
稽查报告最终由海关审核并作出相应处理决定。
查验
海关查验分为人工查验和机检查验，具体流程包括：
由收发货人或其代理人负责按照海关要求搬移货物、开拆货物包装，并配合海关查验。
查验前，进出口货物收发货人或其代理人应当在海关实施查验前声明特殊属性，以特别注意避免货物损毁。
查验货物时，收发货人或其代理人应当到场，负责搬移货物、开拆和重封货物包装，并如实回答查验人员的询问及提供必要资料。
海关查验全程均有收发货人或其代理人在场见证。
封存
当海关稽查人员认为有必要时，可对企业的帐簿、单证等有关资料和进出口货物实施封存。
企业在对封存物清点后应当在《封存通知书》所附清单上签字、盖章。
后续处理
海关查验结束后，由陪同人员在《查验记录单》上签名确认。
海关业务系统根据查验报告，自动判断是否放行货物，若放行则通知报关单位办理后续手续，如缴纳税费、领取提单等；若不放行，则通知报关单位补正申报或接受处罚。
以上是海关搜查的基本程序，具体操作过程中可能会有所调整，企业应当密切关注海关的通知和要求，确保配合海关顺利完成稽查和查验工作。