补充侦查的程序主要包括以下几种情况：
审查批捕阶段的补充侦查
根据《刑事诉讼法》第68条的规定，人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，如果决定不批准逮捕，应当说明理由，并通知公安机关需要补充侦查。但六机关《规定》第27条解释为，人民检察院审查公安机关提请批准逮捕的案件，应当作出批准或者不批准逮捕的决定，对报请批准逮捕的案件不另行侦查。
审查起诉阶段的补充侦查
补充侦查的形式：根据《刑事诉讼法》第140条的规定，人民检察院审查案件时，如果需要补充侦查，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。必要时，可以要求公安机关协助。
补充侦查的期限和次数：对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。
公安机关对补充侦查的案件处理：
如果原认定犯罪事实不清或者证据不够充分，应当在查清事实、补充证据后，制作补充侦查报告书，移送人民检察院审查。
对确实无法查明的事项或者无法补充的证据，应当书面向人民检察院说明情况。
法庭审理阶段的补充侦查
根据《刑事诉讼法》第165条和第166条的规定，在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出延期审理建议的，人民法院可以延期审理。补充侦查应当在1个月以内完毕。
建议
明确补充侦查的情形：在审查案件时，检察院应明确是否需要补充侦查，并根据案件具体情况选择适当的补充侦查方式。
遵守补充侦查的期限和次数：补充侦查必须在规定的期限内完成，且次数有限制，以确保诉讼效率。
有效利用补充侦查结果：补充侦查完成后，检察院应重新计算审查起诉期限，并在补充侦查完毕移送检察院后，根据补充侦查结果决定是否提起公诉。