行政许可的特别程序包括以下几种：
特许程序：
特许是行政机关代表国家向被许可人授予某种权利的许可方式，主要适用于自然资源的开发利用、公共资源的配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项，即《行政许可法》第12条第2项所列事项的行政许可。
认可程序：
认可是行政机关确定申请人是否具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能的许可方式，主要适用于确定申请人是否具备为从事提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业所必需的特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项，即行政许可法第12条第3项所列事项的行政许可。
核准程序：
核准是行政机关对某些事项是否达到特定技术标准、技术规范作出判断的许可方式，主要适用于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项，即《行政许可法》第12条第4项所列事项的行政许可。
招标、拍卖程序：
这些程序适用于需要公开、公平、公正地选择许可对象的场合，例如土地使用权出让、政府采购等。
考试、考核程序：
适用于需要评估申请人是否具备从事特定职业或行业的资格或能力，例如职业资格考试、职业技能鉴定等。
检验、检测、检疫程序：
这些程序用于确保被许可人提供的产品、服务或设施符合特定的技术标准或安全要求，例如食品安全检查、医疗器械审批等。
有数量限制的行政许可程序：
适用于有限资源分配或需要控制数量的情况，例如车辆牌照发放、许可证数量限制等。
告知承诺制：
这是一种新的行政许可审查特别程序，通过申请人承诺符合许可条件，行政机关简化审查流程，并在后续进行核查。这种程序提高了行政效率，同时强调了申请人的主体责任。
这些特别程序根据具体行政管理的需要而设定，旨在提高行政许可的效率、公正性和透明度。适用特别程序时，行政机关应遵循法定程序，确保许可决定的合法性和有效性。