工程审计管理程序通常包括以下几个步骤：
资料收集与审前调查
接收并登记施工单位送达的审计资料，如施工合同、招投标文件、编制标底等。
对施工单位的送审资料进行详细登记，包括项目名称、送达时间、联系人及电话、送审金额、初审情况等。
由审计组长进行审前调查，填写项目信息表，并编写审前调查报告或记录。
审计准备
主审制定审计方案，可以采取表格式或文本式。
主审负责草拟审计通知书，包括承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，并由分管局长签发。
审计实施
对组织审计的项目，由工程主审负责对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员在与施工单位核对前应将初审情况告知工程主审，由工程主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对。工程量的复核需要工程部、审计部、主审与施工单位四方进行现场测量，并将测量结果形成书面勘察记录。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导一并参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要。与建设、施工等相关单位沟通协调的，应形成协调会议纪要。
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章（一式五份）后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。
编写审计报告
复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告。
编写财务审计工作底稿，完成审计结案。
后续工作
建立《跟踪审计项目台账》，由主审人员负责及时登记审计时间、工作纪实（包括工作内容、审计事实、发现问题、审计意见、整改情况、审计成果）。
审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并且作好会议记录。
这些步骤严格按审计工作规范程序实施审计，是控制审计质量和降低审计风险的必要保证。通过有效的审计程序，可以确保工程项目的合规性、真实性和效益性。