没收违法所得钱款的程序主要包括以下几个步骤：
申请提出
由犯罪地或犯罪嫌疑人、被告人居住地的市一级检察院向对应的中级法院提出没收违法所得的申请。
如果被告人死亡，原审理法院也可以受理申请。
法院审查与受理
法院在接到申请后，应在7日内审查完毕，决定是否受理。决定受理的，应在十五日内发出公告，公告期为六个月。
公告范围应在全国公开发行的报纸或法院的官方网站予以刊登，并在法院公告栏张贴、公示。
如果法院已掌握犯罪嫌疑人、被告人近亲属和其他利害关系人的联系方式，应直接告知并记录在案。
参加诉讼
犯罪嫌疑人、被告人近亲属、其他利害关系人应在公告期内申请参加诉讼，可以委托代理人。
其他利害关系人是指对申请没收的财产主张所有权的人。
审理
公告期满后，法院应组成合议庭进行审理。
根据不同情况，法院会作出没收或驳回申请的裁定。
终止审理情形
在审理过程中，犯罪嫌疑人或被告人归案的，应当终止审理。
财物处理
没收的财物和罚金一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
对于违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收并销毁。
救济方式
如果对没收或驳回申请的裁定不服，可以依法提起上诉或申诉。
以上步骤构成了没收违法所得钱款的基本程序，确保了司法程序的公正性和合法性。