修改公司章程的程序主要包括以下几个步骤：
董事会提议
通常由公司董事会提出修改公司章程的建议，并形成修订版章程草稿。
通知股东
根据公司类型，在规定的期限内通知所有股东。有限责任公司一般为15天内，股份有限公司为20天内，发行无记名股票的股份有限公司需在30天前公告。
股东会或股东大会决议
有限责任公司需经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司则需经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
审批事项
若修改内容涉及需要审批的事项，如注册资本变更、发行新股等，需报政府主管机关批准。
登记备案
涉及需要登记的事项，需报公司登记机关核准并办理变更登记；未涉及登记事项的，则需送公司登记机关备案。
公告
按规定对需公告事项进行公告，如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告。
提交相关文件
向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，涉及登记事项的须有公司法人签章方可完成变更。
这些步骤确保了公司章程修改的合法性和透明性，并符合《中华人民共和国公司法》的相关规定。建议在修改公司章程时，务必严格按照上述程序进行，以确保所有程序的合法合规。