合并子公司的程序流程如下：
股东会决议
拟合并的公司股东会分别做出合并决议。
编制财务报表
合并各方分别编制资产欠债表和财产清单。
签订合并协议
母公司和子公司协商拟定并签订合并协议。合并协议应包括合并各方的名称、住所、法定代表人、合并后公司的名称、住所、法定代表人、合并后公司的注册资本、合并形式、合并协议各方债权、债务的承继方案、违约责任、解决争议的方式、签约日期、地点及其他需要规定的事项。
通知债权人及公告
自作出决议之日起10日内通知债权人。
自作出决议之日起30日内在报纸上公告登报。
会计处理
调账、报表合并等会计处置。
实收资本验证
合并报表后实收资本的验证。
申请登记
自作出决议之日起45日以后向登记机关申请登记。子公司申请注销登记，母公司申请变更登记。
提交相关材料
合并各方公司的股东会或股东大会关于公司合并的决议、合并协议、营业执照等所需文件。
办理工商变更
携带合并协议和其他所需文件，于公告45日后去工商局办理合并手续和子公司的注销登记手续。
领取新营业执照
子公司申请注销登记，集团公司申请变更登记，领取新的《企业法人营业执照》。
建议在合并过程中，确保所有步骤和文件都符合相关法律法规，并在专业律师和会计师的指导下进行，以确保合并过程的合法性和顺利进行。