新疆棉花的检验程序主要包括以下几个步骤：
分样
样品交接员从监管库抽取棉样并安全运送到实验室分样室，与样品管理员交接。样品管理员根据交接单安排分样，装入棉样架上的筐子后，进行一一核查，并将数据传给服务器。
感官检验
样品管理人员将样品送入感官检验实验室，由感官检测人员对样品进行检验，检验信息自动传入服务器。
样品平衡
将样品送入平衡间，进行恒温、恒湿24小时，每批棉样进行回潮率测试。
HVI检验
经平衡好后的棉样使用HVI大容量检测仪器进行检测，相关数据自动传到服务器中。检测期间，按国家标准10%留样。
发布棉花检测数据
棉花检验信息室发布棉花检测数据后，被检验方通过网络接收数据。
此外，新疆棉花的检验程序还包括以下环节：
预备知识
专业纤维检验机构按照国家标准和技术规范，对棉花的质量、数量进行检验并出具公证检验证书的活动。
监管棉花
监管棉花公证检验流程及相关要求，包括报检、审单、现场检验（抽样、包装和大货查验）、数量、重量鉴定、实验室检验（品级、长度、马克隆值、断裂比强度）、结果评定和出证。
检验环节
按环节要求可分为收购检验、加工检验、签证检验、监督检验、公证检验和进出口检验。收购检验是棉花收购站或轧花厂收购棉花时所进行的检验，加工检验是对加工的皮棉所进行的检验，签证检验是棉花出厂外销时由具备签证资格的机构签发《棉花检验证书》所进行的检验，监督检验是专业纤检或技术监督部门对棉花经营部门进行检查的检验，公证检验是中国专业纤维检验机构按照国家标准和技术规范，对棉花质量、数量进行检验并出具公证检验证书的活动。
这些步骤和环节共同构成了新疆棉花的检验程序，确保棉花的质量和数量得到准确核定，并符合国家标准和技术规范。