保密期限变更的程序主要包括以下几个方面：
依规变更
国家秘密保密期限的变更应当按照国家秘密确定程序进行，并作出书面记录。
机关、单位认为需要延长所确定国家秘密事项保密期限的，应当在保密期限届满前作出决定；延长保密期限使累计保密期限超过保密事项范围规定的，应当报制定该保密事项范围的机关批准。
主体合法
国家秘密保密期限变更的主体既可以是原定密机关、单位，也可以是其上级机关。
非本机关、本单位确定的国家秘密事项，需要变更的，可以向原定密机关、单位或者其上级机关提出建议，不得自行变更。
及时通知
国家秘密的保密期限经定密责任人审核批准作出变更决定后，原定密机关、单位应当及时在原国家秘密标志附近重新作出国家秘密标志，及时以书面形式通知知悉范围内的机关、单位或者人员。
延长保密期限的书面通知，应当于原定保密期限届满前送达知悉范围内的机关、单位或者人员。
遵循特定规定
根据主管业务工作的实际需要，有关中央国家机关可以对保密范围中的某类事项规定保密的最短期限；有关机关、单位在确定、变更该类事项的保密期限或者决定解密时，不得短于规定的最短期限。确需使保密期限短于规定的最短期限的，应当上报有关中央国家机关批准；有关机关应当在接到报告的三十日内作出答复。
内部工作程序
各机关、单位确定、变更国家秘密事项的保密期限或者决定解密的内部工作程序，依照《保密法实施办法》第十七条的规定办理。
定期审核与解密
机关、单位应当定期审核所确定的国家秘密。对在保密期限内因保密事项范围调整不再作为国家秘密事项，或者公开后不会损害国家安全和利益，不需要继续保密的，应当及时解密。
对于需要延长保密期限的，应当在原保密期限届满前重新确定保密期限。提前解密或者延长保密期限的，由原定密机关、单位决定，也可以由其上级机关决定。
综上所述，保密期限的变更应当严格遵循相关法律和内部规定，确保变更过程的合法性和及时性，并及时通知相关人员。