防疫补偿申请程序如下：
准备材料
申请人需准备受种者本人的身份证、户口本原件及复印件。
受种者法定监护人或法定继承人申请的，还需提交其身份证明原件及复印件。
预防接种异常反应补偿申请书。
预防接种异常反应诊断或鉴定结论书原件。
受种者就诊相关费用票据原件或复印件。
受种者预防接种证原件及复印件。
预防接种异常反应损害等级鉴定结论书原件。
提交申请
申请人应当自收到预防接种异常反应损害等级鉴定结论之日起90日内，向接种单位所在地的县级预防接种异常反应补偿管理办公室提出书面补偿申请。
审核与补偿
设区的市级预防接种异常反应补偿管理办公室收到补偿受理申请后，对申请材料进行审核，审核合格的计算补偿金额，填写经济补偿审批书，并将相关材料报省级预防接种异常反应补偿管理办公室。
县级预防接种异常反应补偿管理办公室在收到补偿款后10日内，向申请人出具预防接种异常反应经济补偿通知书。
申请人自收到通知书后60日内，与县级疾控部门签订补偿协议，逾期未签视同不同意接受补偿。
签订协议后30日内，由县级财政部门会同疾控部门将补偿费用一次性拨付给申请人。
建议：
确保所有材料齐全且真实有效，以避免申请过程中出现不必要的延误。
注意申请的时间节点，确保在规定时间内完成每一步骤，以免错过申请机会。