违建拆迁认定程序主要包括以下几个步骤：
实地调查
相关部门对房屋是否存在违法行为进行调查，全程取证，并根据调查询问情况制作笔录，笔录需要双方的认可签字。
认定程序
通过入户调查对房屋作出是否是违建的决定，确定是违建的，应当告知被征收人作出认定的事实和依据，并且告知其享有的申辩权和听证权。如果当事人对认定结果有异议提出听证的，应当组织听证，听取被拆迁人的申辩。
作出限期拆除的通知
没有申请听证，或通过听证程序被拆迁人的申辩事实、理由不成立的，就要对建筑作出处罚决定，向被拆迁人作出《限期拆除通知书》，要求其在规定时间内自行更改，决定书中说明享有的救济权利。
催告履行
拆迁户收到《限期拆除通知书》后没有履行决定书义务不自行拆除的，认定机关开始进行催告程序，目的是让拆迁户尽快履行决定书自行拆除，并向拆迁户下达《催告书》。如果经过催告程序之后，拆迁户仍然不履行的，就会进行强制执行。
作出拆除决定
经过催告程序后，拆迁户仍然不履行决定书义务的，认定机关依法作出《限期拆除决定书》拆除决定，主要是告知拆迁户违法建筑将在某个时间被直接拆除，告知拆迁户享有的救济权利。
实施拆除
公告拆除决定后拆迁户没有自行拆除，没有提起任何有效救济途径的，机关会进行强制拆除。
此外，程序是否合法，一般情况下，无证房屋或者是其他手续不齐全的房屋，相关部门需要在作出征收决定之前或者是在土地现状调查时就需要加以调查、认定，并不是在房屋面积都已经确认，并且相关信息都已经登记之后才进行认定的。
建议在面临违建拆迁时，被拆迁人应积极、谨慎地参与听证，并尽量将自己房屋修建的历史原因、建房时期相关政策查询清楚，如果自己搞不清楚一定要及时请律师介入，争取自己的房屋不要认定为违建，因为认定违建后虽然还有复议和诉讼可以维权，但是成本会大大提升，房屋被强拆的风险也将增加。