日本切腹的程序大致如下：
准备阶段
切腹人自幼学习切腹规则，在接到命令的当天夜里进行准备。
第二天，检使会到切腹人的宅邸或牢房，带走切腹人。
切腹人进行沐浴，由故人擦拭身体，调节水温，这是最后一次接触。
切腹人整理发髻，换上切腹礼装，通常是白色小袖和无纹麻制肩衣袴。
刑场准备
切腹的刑场有南北二门，南称“修行门”，北称“涅槃门”。
切腹人由北面进入，坐在铺着白绢的榻榻米上，正副二位介错人由南面进入等待行刑。
最后一餐
切腹人将会享用渍饭、味增和最后的几杯酒。
切腹过程
切腹人面前摆放奉书纸和素鞘短刀，切腹人先自行将短刀刀身缠绕奉书纸。
介错人清洗介错刀后，切腹人正坐，直视前方，从右臂褪去上衣，左手取刀，右手持刀，开始刺向腹部，划开创口。
介错人落刀，砍向切腹人的颈部，结束生命。
后续处理
确认切腹人无生命迹象后，仪式正式完成。
遗体用草席裹起，放入棺材，由亲属抬走埋葬。
介错人需立即返回江户城，向老中汇报切腹情况。
注意事项
切腹者通常会用一刀以上切开腹部，第一刀后由朋友或家臣补上一刀，砍下头。
介错人需确保一刀致命，避免切腹者痛苦延长。
切腹者需保持尊严，不可发出任何声音，向前扑倒以示光荣赴义。
这些步骤和仪式体现了日本武士道精神中的“切腹”作为光荣赴义的象征，尽管过程极其痛苦，但切腹者通常会选择这种方式来结束自己的生命。