土木工程师离职程序流程如下：
提前30天递交辞职申请
递交辞职申请的时间从申请递交的日期开始计算，申请应简洁明了，并亲笔签名及日期。
离职交接表
在辞职到期时，填写离职交接表，交清公司和个人物品，并由双方签字确认。如果没有指定交接人，则交给直属领导。
离职证明
离职时需拿回解除劳动关系的证明，即离职证明，这在入职新单位时非常重要。
社保和公积金转移
转移社保和公积金等手续由人事部门负责，员工无需担心。
书面辞职报告
辞职信是必须提交的文件，内容包括离职原因、离职期限、工作交接等，并应提前30天提交给人事行政部。
与主管详谈
与主管进行详细谈话，明确离职意向并获得批准和支持。在此过程中，应准备好充分的理由，并以礼貌和得体的方式表达立场。
工作交接
在获得主管同意后，开始交接工作。即使在接替人到来后，也要确保工作完全交接完毕后再离开公司。
办理离职手续
按照离职手续表办理一系列手续，包括退工单、档案转出、社保和公积金转移等。
建议：
提前规划好离职时间，确保有足够的时间完成所有交接工作。
在与主管交谈时，保持冷静和专业，表达出对公司和同事的尊重。
离职过程中要保持与人事部门的沟通，确保所有手续顺利进行。