审查案件的程序主要包括以下几个步骤：
立案程序
严格按照规定的立案标准进行立案审查。
对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查。
在治安案件中，判断是否存在违反治安管理行为，且是否需要给予治安管理处罚，符合条件的应当及时立案。
调查取证程序
在收集证据过程中，必须依法进行。
例如，在进行询问时，应当告知被询问人如实陈述的义务以及作伪证的法律后果。
进行搜查时，必须向被搜查人出示搜查证等相关法律手续。
案件处理程序
在案件侦查终结后，无论是移送起诉还是作出其他处理决定，都要符合法定程序。
在行政案件中，根据调查结果，依法作出处罚决定，并按照规定的方式送达当事人。
阅卷审查
办案人员接到案件后，应当及时地审查侦查机关或刑事侦查部门移送的案件材料是否齐备，有无《起诉意见书》、证据材料和其他法律文书。
仔细阅读起诉意见书，了解犯罪嫌疑人的犯罪事实、情节，犯罪性质和罪名以及要求起诉的理由，详细审阅案卷中的证据材料，按照法定审查起诉的五项内容，逐项进行审查。发现疑问，可以向侦查人员询问。审阅案卷要认真细致，并应制作阅卷笔录。
讯问犯罪嫌疑人
讯问犯罪嫌疑人是人民检察院审查起诉的必经程序。
通过讯问犯罪嫌疑人，核实证据，正确认定案件事实，监督侦查活动是否合法。
讯问犯罪嫌疑人还有助于直接了解犯罪嫌疑人的精神状态和悔罪态度，为其提供辩护的机会，倾听其辩解理由。
听取被害人意见
人民检察院审查案件，应当听取被害人意见。
对于无法直接听取被害人意见的，可以通知被害人提出书面意见，在指定期限内未提出意见的，应当记录在案。
听取辩护人和诉讼代理人的意见
人民检察院审查案件，应当听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，并记录在案。
辩护人、被害人及其诉讼代理人提出的书面意见，应当附卷。
补充侦查
如果认为犯罪分子犯罪事实不清、证据不足等情形的，可以进行补充侦查。
补充侦查结束后，再移交人民检察院提起公诉。
作出决定
承办人审查后，应提出起诉或不起诉意见，报刑事检察部门负责审核，刑检部门负责人提出审核意见后，应报检察长或检察委员会决定。
以上是审查案件的整个程序，每个步骤都需要严格依法进行，确保证据的合法性、真实性和关联性，以保障司法公正。