不起诉案件适用的程序主要包括以下步骤：
制作不起诉决定书
制作《不起诉决定书》，这是人民检察院代表国家依法确认不追究犯罪嫌疑人刑事责任的决定性法律文书，具有法律效力。
不起诉决定书应包括：案件名称、编号、犯罪嫌疑人的基本情况、案由和案件来源、案件事实、不起诉的理由和法律根据、检察长署名、制作日期和加盖院印等内容。
不起诉决定书的宣布和送达
不起诉的决定书应当公开宣布，并将决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或其近亲属及被害人的诉讼代理人。
应当告知被害人或其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。
解除扣押、冻结
人民检察院决定不起诉后，应当终止刑事诉讼，并解除侦查中对犯罪嫌疑人的财物采取的扣押、冻结措施。
对于公安机关作出的扣押、冻结，人民检察院应当以口头或书面形式通知公安机关或执行扣押、冻结决定的机关解除扣押、冻结。
移送有关主管机关处理
对于需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，并移送有关主管机关处理。
有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。
对公安机关的意见进行复议、复核
公安机关认为不起诉的决定有错误时，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。
对被害人、被不起诉人的申诉进行复查
被不起诉人如果不服不起诉决定，可以自收到决定书后7日内向人民检察院申诉。
人民检察院应当作出复查决定，通知被不起诉人，并抄送公安机关。
报请批准
省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的，要报上一级人民检察院批准。
这些程序确保了不起诉决定的合法性和准确性，同时也保障了被害人和被不起诉人的合法权益。