羁押案件退查程序主要包括以下几个步骤：
检察院审查案件
人民检察院在审查案件过程中，如果发现证据不足或需要补充侦查，可以决定将案件退回公安机关补充侦查，或者自行侦查。
退回补充侦查
公安机关在接到检察院的《退回补充侦查决定书》后，必须在一个月内完成补充侦查，且补充侦查的次数最多为两次。
补充侦查结束后，公安机关需再次将案件移送检察院审查起诉。
取保候审申请
在案件退侦期间，符合条件的犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属有权提出取保候审的申请。
申请程序包括提交书面材料，检察院审查看是否符合条件，对于符合要求的出具取保候审决定书，然后执行。
换押移送
司法机关通常要求在退查后三日内进行换押，但实际上法律没有明确规定换押的具体期限。
侦查结束后，人民检察院会进行审查，如果需要退回补充侦查，则需要进行移送交接，填写换押证。
不起诉决定
对于二次补充侦查的案件，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，应当作出不起诉的决定。
这些程序确保了案件在审查起诉过程中能够充分保障犯罪嫌疑人的合法权益，并确保案件处理的公正性和合法性。