工程清单变更程序通常包括以下几个步骤：
提出工程变更申请报告
提交工程变更申请报告是变更流程的第一步，需要详细说明变更的原因、相关图纸和变更工程量和造价等信息。
填报变更内容
在申请报告中，需要详细填报变更的具体内容，包括变更原因、相关图纸、变更工程量和造价等。
监理公司审核
监理公司会对提交的工程变更申请报告进行审核，评估变更的必要性和可行性，并签署审核意见。
设计单位审核
设计单位会对变更图纸进行审核，确保变更后的图纸满足设计规范和原设计要求，并签署审核意见。
建设单位审批
建设单位会根据相关规定的审批权限进行申报或批复。项目主管会根据上级领导的批复意见向监理公司出具工程变更审批意见，确认变更是否执行。
监理公司下发工程变更通知令
监理公司会根据批准文件下发工程变更通知令，明确变更工程项目的详细内容、变更工程量、施工技术要求、质量标准、相关图纸、预算造价和工期影响等。
承包商执行工程变更
承包商需要按照工程变更通知令执行工程变更。如果承包商对变更持有异议，应在规定时间内向监理公司提交争议，并协商解决。
变更执行与监督
监理公司会监督承包商按照变更通知令的要求实施变更，确保变更工程按照批准的内容和质量标准完成。
这些步骤确保了工程变更的合理性和顺利进行，同时也保证了工程质量和进度。建议在实际操作中严格按照这一流程进行，并在遇到问题时及时与相关方沟通，确保变更过程顺畅。