工程审计服务程序通常包括以下几个步骤：
资料收集与审前调查
接收施工单位送达的资料，并填写审计资料交接清单。
对送达的审计资料进行登记，包括项目名称、送达时间、联系人及电话、送审金额、初审情况等。
由审计组长进行项目情况的审前调查，填写项目信息表，并制作审前调查报告或记录。
审计准备
主审制定审计方案，可以采取表格式或文本式。
主审负责草拟审计通知书，包括承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，并由分管领导签发。
审计实施
工程主审对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员与施工单位核对前，需将初审情况告知工程主审，并由工程主审与施工单位在审计局指定地点进行核对，工程量的复核需要工程部、审计部、主审与施工单位四方现场测量，并将测量结果形成书面勘察记录。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要；与建设、施工等相关单位沟通协调的，应形成协调会议纪要。
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。建设、施工单位各执一份，主审留档两份，其余交科室专人留存。
一般项目在接到报审之日起30天内完成，大型项目或有特殊情况的可适当延长审计期限，但应将延长理由告知被审计单位。
审计报告编制与审查
主审对审计结果草拟审计报告征求意见稿，并将审计资料整理后一并送达科室负责人审核。
草拟的审计报告经分管局长审核后送达被审计单位征求意见。
主审负责填写审计报告反馈意见说明书。
主审负责编写正式审计报告和审计决定。
科室负责人负责填写审计报告审核意见书。
递交法制部门复核。
主审负责审计结果文书的送达及审计决定执行事项。
由主审将审计结果文书送达科室统计员进行统计和上报。
进行审计回访。
项目计划与审计实施
各基本生产车间、辅助生产车间向公司建处报送建设项目立项申请计划及初步预算报告。
审计师根据审计计划，对建设项目进行审计，内容包括工程概、预算是否超支，有无隐匿资金、截留基建收入和投资包干结余，以及有无以投资包干结余的名义私分基建投资的违纪行为等。
审计师根据审计结果编制审计报告，报告中详细列明审计结果、发现的问题及建议。审计报告经审计机构审查后，报送公司领导及有关部门。
审计结果的分析和总结
对审计程序的执行结果进行分析和总结，确定审计发现和问题，并提出建议和意见。
编写审计报告，包括对审计对象的评价、审计发现和问题、建议和意见等。
对审计报告进行审批和发布，包括对审计报告的内容、形式和语言进行审查和修改，并确定审计报告的发布方式和时间。
其他相关步骤
在建设项目正式立项时，将其纳入审计视野，关注各项前期准备工作。
审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并作好会议记录。
这些步骤确保了工程审计的顺利进行和审计结果的准确性和可靠性。