建设工程审计程序通常包括以下几个阶段：
审前准备工作
收集工程相关的文件资料，如施工合同、招投标文件、编制标底等。
熟悉竣工图纸，核对所有图纸，清点无误后挨次识读。
了解决算包括范围，根据决算编制说明，掌握工程内容。
工程施工审计
工程成本管理审查：对人工费、材料费、机械使用费、其他直接费、间接费等构成成本五大要素的逐一审查，找出薄弱环节，提出对策和建议。
安全、质量、工期的审查：审查施工进度是否按计划进行，是否存在只抓进度而放松工程安全和质量管理，有无违规操作而导致安全质量事故的发生，造成经济损失。
建设工程竣工验收
准备工作：确保所有工程资料齐全，符合验收要求。
应当具备的条件：包括工程完成质量、安全等符合相关规定。
监督：由监督站操作，确保验收过程公正、透明。
备案：由建设单位操作，完成验收后的备案手续。
审计报告的编写与交换
根据审计结果编写审计报告，并与被审计单位交换审计意见。
这些程序旨在确保建设工程的合规性、安全性和质量，同时控制审计风险，提高审计效率和质量。建议在实际审计过程中，严格按照这些程序执行，以确保审计结果的准确性和可靠性。