函证程序在审计中主要用于实现以下认定：
账户余额的存在性和准确性：
函证可以确认被审计单位的银行存款、应收账款、应付账款等账户余额是否真实存在，以及金额是否准确。
交易事项的存在性和完整性：
函证用于确认被审计单位与第三方之间的交易是否真实发生，以及交易金额、条款等是否准确无误。这包括确认已记录的交易是否真实存在，以及是否存在未记录的交易。
权利和义务认定：
通过函证，审计人员可以确认被审计单位在特定第三方处的权利和义务，例如债权和债务关系。
计价和分摊认定：
虽然函证对于计价和分摊认定的证明力较弱，但也可以提供一定的审计证据支持这方面的认定。
表达的观点和披露：
函证还可以用于确认被审计单位在财务报表中表达的观点和披露是否准确。
综上所述，函证程序在审计中起着至关重要的作用，它通过获取第三方的信息来验证被审计单位财务报表的准确性和可靠性，从而支持审计意见的形成。