夫妻分居离婚可以选择以下两种主要程序：
协议离婚
签订分居协议：双方可以签订分居协议，明确分居的时间、原因及财产分割、子女抚养等问题。
准备材料：包括本人的户口簿、身份证、结婚证、双方签署的离婚协议书等。
到婚姻登记机关办理离婚登记：双方携带上述材料到一方常住户口所在地的婚姻登记机关提交离婚登记申请，经过30天冷静期后，双方亲自到婚姻登记机关领取离婚证。
诉讼离婚
起草起诉状：一方可以向法院提交起诉状，说明离婚的理由及请求。
准备证据：包括租房合同、小区出入记录、物业费、水电煤气缴费单、居住证明、证人证言、分居前的告知书等，以证明分居满两年。
向法院提起诉讼：将起诉状和证据递交到有管辖权的法院，并缴纳诉讼费用。
等待法院审理：法院审理离婚案件，进行调解，如果感情确已破裂且调解无效，法院应当准予离婚。
建议
协议离婚：双方都同意离婚且能就财产分割、子女抚养等问题达成一致，协议离婚是最快捷的方式。签订分居协议可以固定分居事实，避免后续纠纷。
诉讼离婚：如果一方不同意离婚或双方无法达成一致，诉讼离婚是必要的选择。诉讼过程可能较长，但法院的判决具有法律约束力。
根据具体情况选择合适的程序，可以更高效地解决离婚问题。