公章比对程序属于 司法鉴定程序的一种，主要用于判断两枚印章是否为同一枚。具体包括以下步骤：
公章真伪鉴定：
通过检材（待鉴定的印章）和比对样本（已知真伪的印章）进行判断，确定是否为同一枚公章。所需材料包括检材和比对样本的原件，最好是原件，其次是扫描件或复印件。
盖印形成时间鉴定：
通过检材原件和同期比对样本，利用上机判断确定文书的形成时间。此过程难度较大，需要提供检材和同期比对样本的原件，并且比对样本需要收集到检材相隔每年的比对样本。
朱墨时序鉴定：
判断印文与文书内容的交叉顺序，确定哪个在前哪个在后。此过程需要提供检材原件，并且印文与文书必须有交叉。
此外，在实际的司法鉴定过程中，还可以借助印章对比系统软件来进行辅助比对。这类软件通常属于免费软件，支持在Windows操作系统上运行，并且提供了简体中文界面，使用过程顺畅无障碍。
建议在需要进行公章比对时，向公安、工商部门调查对方印章材料，搜集对方在同一时期使用过的其他印章材料，以确保比对样本的准确性和可靠性。