企业留底退税的程序主要包括以下几个步骤：
准备材料
企业需要准备好留抵退税所需的材料，包括《留抵退税申请表》、《增值税纳税申报表》、相关发票等。
填写申请表
企业需要详细填写《留抵退税申请表》，注明留抵的税款金额和用途等信息，并确保所有信息的准确性和完整性。
提交申请
企业通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》及其他相关材料，完成退税申请。
审核审批
税务机关将对企业的留抵退税申请进行审核和审批，确保申请符合相关规定和要求。审核时间通常在10个工作日左右，若存在风险疑点或需进一步核实的事项，则审核时间会相应延长。
税款留抵
审核通过后，企业可以在缴纳出口货物增值税、消费税等税款时，将其中一部分税款留作抵扣后续期间的进口货物增值税、消费税等税款。
变更或注销退税登记
如果企业经营状况发生变化或某些退税政策发生变动时，应根据实际需要变更或注销退税登记。
建议企业在申请留底退税时，确保所有材料齐全、准确，并提前了解相关政策和流程，以减少审核时间，提高退税效率。