企业小程序的限制主要包括以下几点：
申请数量限制
微信官方规定，每个企业最多可以申请50个小程序。
企业需要根据自身需求和微信平台的相关政策来申请小程序，且每个小程序都需要进行独立的认证和审核。
资质和材料要求
企业在申请小程序时需要提交一系列的商业资质证明，如营业执照、税务登记证等，特殊行业还需提供额外的资质证明。
申请多个小程序时，每个小程序都必须有独立的名称和功能，不同的账号和密码，以及独立的审核和发布。
运营和资源要求
每个小程序都需要有独立的运营团队和资源，以确保小程序的运营和维护质量。
企业需要保证每个小程序都有足够的运营团队和技术支持人员，以应对多个小程序的管理和维护工作。
功能限制
企业小程序在某些功能上可能受到限制，例如无法使用“附近的小程序”功能，这限制了其在地理定位上的可见度。
某些商业功能，如支付功能，也可能受到限制，使得个人小程序难以接受外部支付。
审核和管理
小程序的审核流程较为严格，企业需要提供充分的理由和证明材料才能申请更多的小程序。
企业在申请多个小程序时，需要满足独立性和差异化的要求，且每个小程序都需要进行独立的审核和发布。
其他限制
同一个邮箱只能申请1个小程序，同一个手机号码可绑定5个小程序，同一身份证注册个人类型小程序数量上限为5个。
企业在申请小程序时，还需要遵守微信平台的各项规定，如不得进行违规的商业推广等。
综上所述，企业在申请和应用小程序时，需要充分了解并遵守微信平台的各项规定，确保申请过程的合规性和运营的持续性。