办理烟草稽查程序主要包括以下几个步骤：
受理审查
申请人提交新办《烟草专卖零售许可证许可类事项申请表》及法定代表人或企业负责人身份证明复印件等申请材料。
证件管理员对申请材料进行审核，符合受理条件的，做出受理决定；不符合受理条件的，制作《烟草专卖许可证受理单》和《烟草专卖许可证行政许可文书送达回证》，并告知当事人有向有关单位或部门提出行政复议或者诉讼的权利。
实地核查
烟草局指派两名以上工作人员到申请人的经营场所进行实地核查。
核查内容包括经营场所的真实性、位置、面积、设施、资金情况、固定经营场所、必要的技术和专业人员等是否符合规定，以及是否符合烟草行业合理布局的要求。
审核及审批
实地核查通过后，烟草局的审核部门对申请材料进行详细审核，并提出是否办理的意见。
审核过程中，证件管理员和科长会签署书面审查意见，并综合考虑申请人的资质、经营场所的条件以及市场的实际需求等因素。
日常市场监管
稽查岗负责烟草市场的日常监管，包括制定市场检查计划并实施检查，以确保市场的合法有序。
稽查人员会核查烟草专卖零售许可证，处理涉烟举报和查办涉烟案件。
执法检查
市场管理员在进入经营场所进行执法检查时，首先查看许可证，其次查看经营的卷烟是否合法，最后对经营场所进行全方位检查，并在移动执法终端中进行相关操作。
建议在办理烟草稽查程序时，确保所有申请材料的真实性和完整性，并积极配合烟草局工作人员的实地核查和审核工作，以便顺利通过审批。