修改论文的程序可以总结为以下几个步骤：
通读论文
整体审阅：首先，需要从整体上通读论文，检查布局是否合理，论点是否鲜明，论据是否充分，论证是否严密，文题是否相符，评价是否恰当，以及是否存在泄密问题等。
逐段推敲：然后，逐段进行推敲，找毛病并修改。这个过程需要由浅入深，先处理明显的问题，再深入挖掘不易发现的重要问题，以提高论文质量。
查重与修改
查重检测：使用查重工具（如知网）检测论文的重复率，标记出需要修改的部分。红色部分通常是需要重点关注和修改的地方。
同义词替换：在查重报告中指出的问题部分，尽量用同义词替换，以降低重复率。
内容与语言修饰
内容修改：修改初稿中的内容，补充和调整论据和论证，确保论文的逻辑性和条理性。
语言修饰：对文章的语言进行修饰，包括词汇选择、句子结构调整、标点符号使用等，以提高文章的可读性和表达效果。
细节校对
朗读论文：通过朗读论文，发现语言表达上的问题，如词语含混、句子拗口、逻辑结构不紧密等。
标注与修订：使用批注功能标注出需要修改的内容，明确修改范围，并在修订功能中随时比较修改前后的内容，确保修改连贯自然。
反复修改与完善
搁置与再修改：初稿完成后，先搁置一段时间，让头脑放松后再进行修改，这样更容易发现主要问题。
多轮修改：修改过程可能需要多轮，每轮都要认真通读、推敲和修饰，确保论文质量不断提高。
最终定稿
全面检查：在修改完成后，全面检查论文，确保没有遗漏任何错误，论点、论据和论证都经过充分锤炼和推敲。
定稿：最后，确认论文无误后，进行定稿，完成论文的撰写过程。
通过以上步骤，可以有效地修改论文，提高论文的质量和学术水平。建议在修改过程中多与指导老师沟通，听取意见，确保论文符合学术规范和要求。