批捕后的程序主要包括以下几个阶段：
侦查阶段
公安机关在批捕后应立即进行侦查，侦查羁押期限一般不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。
公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
审查起诉阶段
人民检察院在接到公安机关移送的案件后，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件可以延长半个月。
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，并按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。
在审查起诉过程中，如果检察院认为需要补充侦查，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
审判阶段
人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十六条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。
人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限。
人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。
判决与上诉
人民法院在审理过程中，如果认为犯罪事实不清、证据不足，可以退回检察院补充侦查，或者作出无罪判决。
当事人对一审判决不服的，可以向上一级人民法院提起上诉，上诉期限一般为判决书送达之日起十日内。
这些程序确保了司法公正和程序的合法性，保障了犯罪嫌疑人的合法权益。