十三爷被幽禁的原因主要可以归纳为以下几点：
夺嫡之争
十三爷在当时的皇位争夺中，因与四爷关系密切，在太子事件中被牵连，康熙帝因此对他失望并一度幽禁。
军事影响力
十三爷在军中拥有较大的影响力，特别是在京城守卫部队中，康熙帝因此对他有所忌惮。
性格因素
十三爷性格直率、冲动，可能因此触怒了康熙帝，特别是在太子事件中的一系列行为，如暗杀郑春华和私自调动部队等。
保护雍正
康熙帝可能出于保护雍正帝的考虑，通过圈禁十三爷，减少他卷入夺嫡斗争的可能性，并为他日后继位铺平道路。
政治策略
康熙帝可能出于政治策略，通过隐藏十三爷的真实才能，来保护雍正帝，并让外界误以为雍正帝不是皇位继承人，从而保护雍正帝的安全。
其他因素
十三爷在废除太子后的一些行为可能让康熙帝感到不快，导致他失宠并被圈禁。
以上几点是十三爷被幽禁的主要原因，但具体细节可能因历史记载的缺失和后人解读的不同而有所差异。康熙帝对十三爷的幽禁，既有出于对他个人性格和行为的失望，也有出于保护雍正帝和稳固皇权的深远考虑