房地产开发公司土地增值税的计算方法如下：
销售额的确认
销售额的计算公式为：销售额 = （全部价款和价外费用 - 当期允许扣除的土地价款） ÷ （1 + 9%）。
销项税额的确认
销项税额的计算公式为：销项税额 = 销售额 × 税率 = （全部价款和价外费用 - 当期允许扣除的土地价款） ÷ （1 + 9%） × 9%。
土地增值税的应税收入
根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号），土地增值税的应税收入不含增值税，因此应税收入 = 含税房款 - 含税房款 ÷ 1.09 × 9% + 土地价款 ÷ 1.09 × 9%。
扣除项目
扣除项目包括：取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金等。
增值额的计算
增值额 = 转让房地产收入总额 - 扣除项目金额合计。
适用税率和速算扣除系数
土地增值税实行四级超率累进税率，具体税率和速算扣除系数如下：
增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%，速算扣除系数为0；
增值额超过扣除项目金额50%、未超过100%的部分，税率为40%，速算扣除系数为5%；
增值额超过扣除项目金额100%、未超过200%的部分，税率为50%，速算扣除系数为15%；
增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%，速算扣除系数为35%。
预征和清算
房地产开发企业可在销售比例达到85%以上时进行土地增值税清算，清算时点往往并未销售完毕，清算环节之后企业还会进行尾盘销售环节。
建议
房地产开发公司在计算土地增值税时，应严格按照当地税务机关的规定和计算方法进行操作，确保计算的准确性和合规性。同时，考虑到土地增值税的复杂性和各地政策的差异，建议公司在项目初期就进行充分的税务规划和咨询，以避免后期出现税务风险。