基层减负工作中存在的问题主要包括以下几点：
表面性减负：
很多减负措施只是针对表面问题进行应对，而忽视了一些根本性和结构性的问题。例如，一些组织和机构在减负过程中只关注员工的工作量和压力，而忽视了一些制度条款的不完善和流程不顺畅等问题。因此，基层减负的效果往往只停留在短期的缓解，而无法真正解决根本问题。
缺乏科学性和系统性：
在实施基层减负措施时，很多组织和机构缺乏科学的分析和研判，只是盲目地采取一些普遍的做法。例如，一些单位会在上级要求加班的情况下，仍然要求员工按时下班。虽然这样做可能会暂时减轻员工的工作压力，但对于长期的工作安排和任务完成可能会带来一定的隐患。此外，基层减负措施往往过于零散和断片化，缺乏系统性和整体性，无法形成有效的减负体系。
管理体制存在缺陷：
在组织和机构中，存在一些管理体制上的垂直和刚性局限，这也是导致基层减负问题的原因之一。例如，一些组织和机构过分追求效率和结果，忽视了员工的生活质量和工作环境。此外，由于长期以来的管理模式和规则，一些基层员工过多地承担着管理层面的责任和工作量，导致基层减负的目标无法实现。
缺乏有效的监督和评估机制：
基层减负工作需要有有效的监督和评估机制来确保各项措施能够真正落地。然而，目前很多基层单位在这方面存在不足，导致减负措施无法有效执行，甚至出现“应减未减”、“时减时增”、“此减彼增”等现象。
人员不足和工作高强度：
人员不足是导致基层减负任务难以完成的一个主要原因。在许多基层单位中，需要完成大量日常运营管理任务的同时还要应对各种突发事件和突出问题，这种情况下，单位往往只能增加工作时长或加班加点来应付任务压力，这不仅导致工作高强度和员工身体健康问题的产生，也影响了员工对工作的积极性。
职责过度集中：
职责过度集中是导致基层减负困境的另一个关键问题。由于基层单位在行政体制中的地位低下，职责集中成为一个普遍存在的现象。一个基层单位常常需要负责多个岗位的工作，例如财务、人力资源、宣传等等，而这些都需要专业知识和技能。加之一些层级审批制度繁琐，导致基层只能将大量精力花在办事纪律和繁文缛节上，而无法将更多时间用于实际工作与创新。
部门沟通不畅：
部门沟通不畅也是基层减负面临的重要问题之一。一个典型的例子是信息孤岛问题。由于缺乏有效的沟通渠道和协调机制，不同部门之间往往无法及时了解对方的需求和任务进展情况，导致许多相同或类似性质的工作重复进行，增加了基层的负担。
政策执行不到位：
在实际工作中，由于地方政府对政策执行不到位，导致基层依然存在着繁文缛节，手续繁琐等问题，影响了基层工作效率。
责任主体不明确：
在“五个专项整治基层减负”的政策执行中，责任主体不明确，缺乏有效的督导和评估，导致工作执行不力，问题得不到解决。
信息不对称：
在基层工作中，信息不对称的问题比较突出，上级政府往往对基层工作的真实情况了解不多，而基层干部又无法真实反映问题，导致问题得不到及时解决。
制度建设不健全：
对于基层减负问题，现有制度建设还存在不完善的情况，各方面配套政策不够完备，导致政策执行时出现了一些漏洞和问题。
综上所述，基层减负工作涉及多个方面，需要从制度、管理、监督、人员配备等多角度进行系统性改革，才能真正实现减负目标，提升基层工作效率和员工生活质量。