删除exe文件中的木马程序可以通过以下几种方法：
使用杀毒软件
运行知名的杀毒软件如腾讯电脑管家或卡巴斯基，对exe程序进行全盘扫描和查杀。确保在查杀前不要运行可疑的exe文件，以免病毒扩散或损坏文件。
任务管理器
打开任务管理器（按Ctrl+Shift+Esc或Ctrl+Alt+Del后选择任务管理器），在进程标签页中找到可疑的exe进程，右键选择“结束进程树”来终止木马进程。
注册表编辑器
检查注册表中的启动项，特别是在以下路径：
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce`
`HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunServicesOnce`
`HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`
`HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce`
`HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Run`
删除与可疑exe文件相关的启动项。
编辑WIN.INI文件
检查WIN.INI文件中的“run=”和“load=”项，确保没有加载可疑的木马程序。
手动删除文件
如果知道木马程序的具体位置，可以直接删除相关的exe文件和配置文件，如autorun.inf等。
使用文件粉碎工具
对于特别顽固的木马程序，可以使用文件粉碎工具将其彻底删除，确保无法恢复。
安全模式
如果常规方法无法删除木马程序，可以尝试在安全模式下进行查杀。按Ctrl+Alt+Del打开任务管理器，选择“启动新任务”，然后输入“cmd”并回车，进入命令提示符后进入木马程序所在的目录，使用“del”命令将其删除，并确保使用“/q”参数进行安静删除。
请根据具体情况选择合适的方法，并在执行任何操作前备份重要数据，以防数据丢失。