人员调动违反程序的处理方式主要依据相关法律法规和单位内部规定。以下是一些可能的处理方式：
警告或批评教育
对于轻微的违规行为，单位可以给予口头或书面警告，并进行批评教育，以提醒和警示该员工。
调整或撤销调动决定
如果违规调动涉及到人事调配的决策，单位可以考虑对调动决定进行调整或撤销，以纠正错误。
纪律处分
对于严重的违规调动行为，单位可以根据相关的纪律规定和程序，对责任人进行纪律处分，如扣发工资、降职、停职候查、开除等。
追究法律责任
如果违规调动行为涉及到违法犯罪行为，单位可以报案，将责任人移交给司法机关进行处理，以依法追究其法律责任。
经济补偿
若用人单位擅自调换岗位未与劳动者协商一致，且对劳动者的劳动报酬、工作条件等产生重大不利影响，劳动者可以解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
法律途径
劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，如果对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼。
合同履行
用人单位与劳动者因劳动合同中约定，用人单位有权根据生产经营需要随时调整劳动者工作内容或岗位，但双方为此发生争议的，应由用人单位举证证明其调职具有充分的合理性。
纪律审查
对于公务员等特定职业，如果违规调动影响公务员调动制度的公正性和公平性，则会依照《中华人民共和国公务员法》和相关规定进行处理，可能面临解职、降级等严重后果。
综上所述，处理人员调动违反程序的问题时，单位应首先依据内部规定进行初步处理，如警告或批评教育。若违规行为严重，则需依据相关法律法规，采取进一步措施，包括纪律处分、法律责任追究等。同时，劳动者也有权通过法律途径维护自身权益。