法官助理违反程序的处理方式主要依据《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国民事诉讼法》以及《人民法院工作人员处分条例》等相关法律法规。以下是具体的处理措施：
内部处理
警告、记过或记大过：对于故意违反法律、审判纪律、审判管理规定拖延办案，或者因过失延误办案，造成严重后果的法官助理，根据《人民法院工作人员处分条例》，可以给予警告、记过或者记大过处分。
降级或撤职：情节较重的，给予降级或者撤职处分。
开除：情节严重的，给予开除处分。
外部处理
上诉：民事诉讼中的当事人、刑事公诉案件被害人及其法定代理人不服地方各级人民法院第一审的判决、裁定的，有权用书状或者口头向上一级人民法院上诉。
投诉：发现法官助理违法，可以向上一级法院、纪检或检察院等部门投诉。投诉属实的，被检举法官助理可以由所在法院给予行政处分，如果涉嫌犯罪，由司法机关追究刑事责任。
刑事责任
枉法裁判：根据《中华人民共和国刑法》，凡有司法官吏怙私舞弊、徇私枉法或收受人情影响而枉断案情者，对于那些原本应该被判无罪之人而实施错判追诉行为，或是明知有罪却蓄意包庇不予追究者，抑或是在刑事诉讼程序中故意违背事实真相与法律原则进行错误判决者，均应判处五年以下有期徒刑或拘役；若情节严重者，则应处以五年以上至十年以下有期徒刑；而对于情节特别恶劣者，则应处以十年以上有期徒刑。
建议
加强内部监督：法院应加强对法官助理的监督和管理，确保其严格遵守法律程序和规定。
完善投诉机制：建立有效的投诉渠道，确保当事人和其他诉讼参与人能够及时、有效地举报法官助理的违法行为。
强化培训教育：定期对法官助理进行法律程序和职业道德的培训，提高其法律素养和职业道德水平。
通过以上措施，可以有效处理法官助理违反程序的问题，维护司法公正和法律权威。