违反再审程序的处理方式主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《最高人民法院关于适用的解释》等相关法律规定，具体处理如下：
当事人申请申诉
当事人可以向人民法院提出申诉，以维护自己的合法权益。申诉应当提交的材料包括申诉状、原一、二审判决书或裁定书等法律文书，以及其他相关材料。
申诉材料审查
人民法院接到申诉后，应当进行审查。如果认为申诉符合法定条件，应当立案并裁定中止原判决、裁定的执行，同时通知双方当事人。
如果申诉不符合法定条件，法院应当通知申诉人补充材料。如果申诉人拒绝补充且无正当理由，法院将不予审查。
再审申请的驳回
对于未经上诉直接向法院申请再审的情况，法院可以认为申请人滥用再审程序，从而从程序上直接驳回其再审申请。
再审案件的审理
再审案件应一律实行合议制。如果由原审人民法院再审，应当另行组成合议庭。再审案件适用原审程序进行审理，但再审后的判决、裁定为终审裁判，当事人不得再上诉。
违反法定程序的处理
在再审过程中，如果发现原判决违反法定程序，法院可以根据具体情况分别处理：
认为不符合受理条件的，裁定撤销一、二审判决，驳回起诉。
具有下列违反法定程序的情况，可能影响案件正确判决、裁定的，裁定撤销一、二审判决，发回原审人民法院重审：
审判员、书记员应当回避未回避的；
未经开庭审理而作出判决的；
适用普通程序审理的案件，当事人未经传票传唤而缺席判决的；
其他严重违反法定程序的。
再审中的调解
如果再审案件中发现一、二审判决遗漏了应当参加诉讼的当事人，法院可以根据当事人自愿原则予以调解。调解不成的，裁定撤销一、二审判决，发回原审人民法院重审。
再审后的宣判
再审案件的宣判可以采取自行宣判和委托原审人民法院或当事人所在地人民法院代行宣判的方式。
通过以上规定，可以看出我国法律对再审程序有着严格的规定，以确保司法公正和当事人的合法权益。违反再审程序的行为将受到相应的法律制裁，包括驳回再审申请、撤销原判决或裁定，甚至发回重审。因此，相关当事人应当严格遵守法律规定，确保诉讼程序的正当性。