当法官违反程序办案时，可以采取以下措施进行处理：
当事人上诉
民事诉讼：当事人或其法定代理人可以向上一级人民法院提出上诉，对判决不服的上诉期为十五日，对裁定不服的上诉期为十日。
刑事诉讼：被告人、自诉人及其法定代理人可以向上一级人民法院提出上诉，对判决不服的上诉期为十五日，对裁定不服的上诉期为十日。此外，还可以通过审判监督程序向上级法院或检察院申诉。
投诉和监督
内部投诉：发现法官违法办案，可以向所在法院的纪检或监察部门投诉。如果投诉属实，被检举法官可能受到行政处分，严重者可能涉嫌犯罪，由司法机关追究刑事责任。
外部监督：当事人还可以通过律师代理或自行向有关司法机关提出申诉，要求对违法审判程序进行纠正，维护自身合法权益。
法律责任
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》，法官在审判活动中故意违背事实和法律作枉法裁判，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。
行政处分：根据《人民法院工作人员处分条例》，法官违反审判职责的行为，根据情节轻重，可能受到警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分。
发回重审
程序性违法：一般的处理意见是将案件发回原审人民法院重新审判，法官在法院内部接受相应的处罚。
综上所述，法官违法程序办案的处理方式包括当事人上诉、投诉和监督，以及法律责任的追究。具体处理措施依据案件性质、违法情节的严重程度以及相关法律规定而定。