严重违反程序的处理方式主要依据具体案件的情况和相关法律规定。以下是几种可能的处理方式：
发回重审
如果原判决或裁定存在严重违反法定程序的情形，如遗漏当事人、违法缺席判决、审判组织组成不合法、应当回避的审判人员未回避等，法院可以裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
重新审理
对于一些特别严重的程序违法，如涉及重大事实不清或违法缺席判决等，法院可能会裁定撤销原判决，并要求重新审理，且第二审人民法院不得再次发回重审。
补充证据或更改做法
对于轻微的程序违规行为，法院可能要求当事人补充证据或更改做法，以确保审判过程的公平性和合法性。
上诉或申请再审
当事人如果认为审判过程存在违法行为，可以在法定时间内提起上诉或申请再审。法院将根据法律规定和提供的证据，作出相应的处理决定。
内部处理
对于法官违反程序办案的情况，除了发回重审或重新审理外，法官还可能面临内部纪律处分，如警告、降级、扣除绩效等。
行政处罚
在某些情况下，严重违反程序的行为可能构成行政处罚，如行政处罚法规定的情形，行政机关可以依法进行处罚。
其他处理
根据具体情况，法院或相关机关还可能采取其他处理措施，如责令改正、赔偿损失等。
建议
及时提出异议：当事人应及时提出对程序违法的异议，以便法院或相关机关能够及时纠正错误。
收集证据：在提起上诉或申请再审时，应尽可能收集相关证据，以支持自己的主张。
寻求专业帮助：在处理严重违反程序的案件时，建议当事人寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。