保护脚本程序的方法有多种，以下是一些常见的方法：
加密脚本
使用工具如 `shc` 将 shell 脚本转换为加密的二进制文件。这样可以防止未经授权的查看和修改脚本内容。
安装 `shc` 工具后，可以使用命令 `shc -r -f script-name` 对脚本进行加密。加密后的脚本可以直接运行，同时会生成一个源代码文件 `script-name.x.c`，以便于后续的逆向工程。
设定过期时间
在脚本中加入自动更新系统时间的命令，防止用户更改系统时间，从而保证脚本在一定时间后失效。
使用脚本保护工具
在ASP.NET中，可以使用 `Scripting.Encoder` 对脚本进行编码，使得脚本内容变得不可读，从而提高安全性。
强化访问权限
在PHP脚本中，可以通过定义常量 `ACCESS_OK` 来限制对后门文件的访问，只有定义了该常量的文件才能正常访问后门文件。
IP地址过滤
通过限制只有特定的IP地址才能访问后门文件，增加安全性。例如，只允许来自特定IP地址的访问。
密码验证
设置密码验证，通过 `$_GET` 或 `$_POST` 参数传递密码，并与预设的密码进行比较，以确保只有授权用户才能执行脚本。
脚本监控
在应用程序控制台中设置脚本监控任务，对疑似危险脚本进行监控和处理，防止恶意脚本的执行。
数字签名
使用数字签名确保程序的完整性和可信度，将程序与特定的开发者或组织关联起来，防止程序在传输和安装过程中被篡改。
应用程序白名单
在操作系统层面，如Windows 11，可以设置应用程序白名单，只有位于白名单中的应用程序才能运行，从而限制未授权的应用程序执行。
使用安全框架
在Web应用程序中，可以使用Spring Security等安全框架，配置所有请求路径都需要认证，使用HTTP基本身份认证，确保只有授权用户才能访问应用程序。
根据具体的应用场景和需求，可以选择合适的方法来保护脚本程序。建议结合多种保护措施，以达到最佳的安全效果。