工程备案程序一般包括以下几个步骤：
网上申报
承包人首先需要登录政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报。
根据合同的具体性质和内容，在对应的合同备案表中填写相关信息，并打印出带条型码的合同备案表。
办理备案手续
合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
所需资料通常包括：
建设工程施工合同备案表
中标通知书
合同书
工程项目中标项目负责建造师注册证书和执业印章
身份证及安全生产考核合格证书（B证）
正式签发合同备案表
备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，确认符合要求后，加盖合同备案专用章。
备案完成后，会正式签发合同备案表。
需要注意的是，根据最新的规定，工程施工合同不需要专门办理备案手续，只需要准备相关的证明材料办理施工许可证，办理完施工许可证后即可正常开工。
请根据具体情况和当地政府部门的要求，确保按照规定的流程进行操作。