甲方竣工备案的程序主要包括以下几个步骤：
施工单位自检合格
施工单位在完成工程施工后，需进行自检，并确保其符合《房屋建筑工程和市政基础设施工程竣工验收暂行规定》的相关要求。
提交工程竣工报告
施工单位需向建设单位提交工程竣工报告，并申请竣工验收。同时，总监理工程师需签署相关意见。
组织竣工验收
建设单位负责组建由勘察、设计、监理等单位组成的专家组，对符合竣工验收要求的工程进行验收。
通知工程质量监督机构
建设单位需在竣工验收7个工作日前，将验收的时间、地点及验收组名单书面通知负责监督该工程的工程质量监督机构。
提交竣工验收报告
工程竣工验收合格后，建设单位需在15个工作日内向工程所在地县级以上地方人民政府建设行政主管部门（及备案机关）提交竣工验收报告。
工程质量监督机构提交监督报告
工程质量监督机构在竣工验收之日起5个工作日内，需向备案机关提交工程质量监督报告。
城建档案管理部门预验收
城建档案管理部门需对工程档案资料按国家法律法规要求进行预验收，并签署验收意见。
备案机关签署备案意见
备案机关在验证竣工验收备案文件齐全后，在竣工验收备案表上签署验收备案意见并签章。
领取竣工备案表格
建设单位需从质监站领取竣工备案表格，并填写完整。
准备并提交备案材料
建设单位需准备齐全备案所需材料，包括两证一书及规划验收证明材料、施工许可证、施工图设计文件审查意见、消防验收证明、住宅工程质量回访记录表、《住宅质量保证书》等，并向质监站办理竣工备案手续。
备案机关审核备案材料
备案机关在收齐并验证备案材料后，需在15个工作日内在《房屋建设工程和市政基础设施工程竣工验收备案表》上签署备案意见并签章。
领取备案文件
备案完成后，建设单位、施工单位、监督站和备案机关各持一份备案文件。
建议甲方在竣工备案过程中，确保所有材料和手续均按照相关法规和要求准备齐全，并与各相关单位和部门保持沟通，以确保备案过程的顺利进行。