根据《劳动合同法》和《工资支付暂行规定》，程序员离职时工资的结清方式如下：
一次性付清
用人单位应当在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者的工资。
实际出勤天数结算
离职后工资按照实际的出勤天数结算，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
发薪日结算
如果用人单位通过银行卡发工资，并且约定了发薪日，在下一个发薪日支付也是合法的。
工资支付日期
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
法律责任
用人单位依照《劳动合同法》有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
如果用人单位未按时支付工资，劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求支付工资报酬。
建议
劳动者在离职时，应要求用人单位按照上述规定一次性结清工资。
如果用人单位未按时支付工资，劳动者可以通过协商、投诉或法律途径维护自己的权益。
劳动者在离职前应与用人单位确认工资结算方式和时间，以避免后续纠纷。