专项附加扣除的计算方法如下：
子女教育
纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除。
继续教育
纳税人在中国境内接受学历（学位）继续教育的支出，在学历（学位）教育期间按照每月400元定额扣除。同一学历（学位）继续教育的扣除期限不能超过48个月。
纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除。
大病医疗
在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。
住房贷款利息
纳税人本人或者配偶单独或者共同使用商业银行或者住房公积金个人住房贷款为本人或者其配偶购买中国境内住房，发生的首套住房贷款利息支出，在实际发生贷款利息的年度，按照每月1000元的标准定额扣除，扣除期限最长不超过240个月。
住房租金
纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，可以按照以下标准定额扣除：
直辖市、省会（首府）城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每月1500元。
除第一项所列城市以外，市辖区户籍人口超过100万的城市，扣除标准为每月1100元。
市辖区户籍人口不超过100万的城市，扣除标准为每月800元。
赡养老人
纳税人赡养一位及以上被赡养人的赡养支出，统一按照以下标准定额扣除：
纳税人为独生子女的，按照每月2000元的标准定额扣除。
纳税人为非独生子女的，由其与兄弟姐妹分摊每月2000元的扣除额度，每人分摊的额度不能超过每月1000元。
3岁以下婴幼儿照护
专项附加扣除标准为每个子女每月2000元。
示例计算
假设小李在北京上班，月收入1万元，“三险一金”专项扣除为2000元，每月租金4000元，有一子女上幼儿园，同时父母已经60多岁。起征点为5000元的情况下，小李可以享受以下专项附加扣除：
住房租金：1200元（4000元 - 1500元）
子女教育：1000元
赡养老人：1000元（与姐姐分摊，每人每月1000元）
应纳税所得额 = 10000 - 5000 - 2000 - 1200 - 1000 - 1000 = 8000元
应纳个人所得税税额 = （8000 × 3%） = 240元
因此，小李每月需缴纳240元个税。
总结
专项附加扣除的计算方法相对简单，主要是根据纳税人的具体情况，按照规定的标准和限额进行扣除。建议纳税人认真填写相关信息，确保专项附加扣除的准确计算，从而合法享受税收优惠。