代订机票的电子普通发票 不能抵扣进项税。具体依据如下：
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第六条规定，纳税人取得的代理旅客运输费用电子普通发票，不属于购进国内旅客运输服务，因此不能适用该公告中关于其他票据计算抵扣的特殊规定。
《中华人民共和国增值税法》第十四条规定，纳税人购买货物、接受劳务、以及进口货物、技术等，用于向他人销售货物、劳务、技术等应税行为，可以抵扣与该销售行为有关的进项税额。然而，代订机票的电子普通发票并不符合这一规定，因为它不属于购进国内旅客运输服务的范畴。
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十六条规定，纳税人可以使用合法有效的发票抵扣应纳税额。但代订机票的电子普通发票不能用于抵扣进项税额，因为它不符合相关法律和规定的要求。
综上所述，代订机票的电子普通发票不能作为抵扣进项税的凭证。如果需要抵扣进项税，建议使用增值税专用发票或其他符合规定的发票形式。