国务院组成部门和直属机构在多个方面存在明显的区别：
定义和职能
国务院组成部门：是国务院的核心部分，包括各部、各委员会、中国人民银行和审计署等，负责领导和管理特定领域的行政事务，具备行使特定国家行政权力的职责。
国务院直属机构：是隶属于国务院、由国务院直接管理的行政机构，如海关总署、国家市场监管总局、国家税务总局等，主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。
管理方式和政治地位
国务院组成部门：由全国人大选举产生，对人大负责，接受人大监督，其负责人有权参加国务院全体会议。
国务院直属机构：由国务院管理，对国务院负责，其负责人通常仅为列席会议，并不作为国务院的组成人员。
人事任免
国务院组成部门：行政首长（如部长、主任、行长、审计长）是法定的国务院组成人员，其任免须由国务院总理提请全国人大及其常委会决定。
国务院直属机构：设立、撤销、合并可由国务院自行决定，其行政首长由国务院自己来任免。
部门规格
国务院组成部门：规格高于直属机构，组成部门的负责人有权参加国务院全体会议，而直属机构的负责人通常仅为列席会议。
其他区别
国务院直属事业单位：不是国家行政机关，而是公益性质的事业单位，如中国科学院、中国社会科学院、中国工程院和国家行政学院等。
总结：
国务院组成部门是国务院的核心组成部分，具有更高的政治地位和管理权限，而直属机构则专注于特定领域的行政管理，其设立和管理相对灵活。两者在职能、管理方式、人事任免和政治地位等方面均有明显的区别。