如果纳税人丢失了增值税专用发票的抵扣联，可以采取以下步骤处理：
发票联复印件替代
如果仅丢失抵扣联，纳税人可以使用相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证。
记账联复印件替代
如果同时丢失了发票联和抵扣联，纳税人可以凭借加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
电子发票重新打印
在全国实行数电发票后，如果发票丢失，可以直接以取得的电子发票重新打印。建议建立电子发票登记簿，并将抵扣的电子发票打印出来备查。
联系销售方和税务机关
纳税人需要联系发票开具方，告知其发票丢失情况，并请求其协助。如果可能，请求开票方重新开具一份发票或者提供发票副本。同时，需向所在地税务机关报告丢失情况，并申请相应的处理。
报案和公告挂失
纳税人应向当地公安机关报案，获取报案证明，并在当地报纸或官方公告栏上发布挂失公告，以证明已经尽力找回丢失的发票。
税务调整和账务处理
根据税务机关的指导和企业的实际情况，进行相应的账务调整。如果丢失前已认证相符，可使用专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为抵扣凭证。
专业部门协调
如果发票联和抵扣联同时丢失，且丢失前未认证，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用发票记账联复印件（加盖发票专用章）及销售方所在地主管税务机关出具的《证明单》，并及时传递给发票管理人员，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
科技手段辅助
如果发票抵扣联存储在电脑或云端，可以通过电子存档找到相关信息，确保抵扣权益不受损失。此外，一些企业采用区块链技术来管理发票，通过区块链上的信息进行核对和抵扣。
重新开具发票
在特殊情况下，纳税人可以向主管税务机关申请重新开具专票，但重新开具的专票税率可能会不同，因此需要谨慎处理。
通过以上步骤，纳税人可以尽量挽回因丢失增值税专用发票抵扣联而造成的损失，并确保增值税进项税额的合法抵扣。